Gris é uma jovem de cabelos azuis e vestido preto, que durante o decorrer da jornada vai ganhando algumas habilidades. Ela está perdida em seu próprio mundo após passar por uma experiência dolorosa e perder o seu refúgio. Gris está desamparada e precisa enfrentar um caminho longo através da tristeza e outros conflitos para encontrar e entender a si mesma.

Inicialmente, ela nos é apresentada deitada em cima de uma estátua, até que ela tenta cantar, a sua voz não sai e a estátua se desfaz em pedaços. Posteriormente, ela se vê em um mundo completamente vazio, branco e preto e em ruínas. Até que ela se depara pela primeira vez com uma mão de uma estátua destruída, a mesma que era o símbolo de segurança para Gris. Com isso, ela sofre uma explosão de sentimentos; manchas vermelhas aquareladas surgem em volta dela, algo que é apresentado de forma sutil, mas muito tocante.

Quando Gris volta a explorar o mundo, agora com detalhes em vermelho, ela se depara com um palácio destruído, e acima desse palácio existe uma constelação sem estrelas, que vai sendo preenchida conforme ela encontra estrelas durante a sua jornada pessoal. Ela se volta para um deserto de cor vermelho vivo, e subitamente surgi uma tempestade de vento avassaladora, que a empurra para trás. Tempestade essa que vem acompanhada de uma música intensa e se vai de forma suave, retornando de tempos em tempos. Gris encontrou muita dificuldade para prosseguir por causa do vento forte, ela é arrastada para trás pelo vento e muitas vezes precisa se esconder nas ruinas para não sofrer com esse vento, mas esse cenário muda quando ela desenvolve uma nova habilidade, agora o seu vestido vira um quadrado pesado e essa habilidade faz com que ela consiga não só caminhar pelo deserto mesmo com a tempestade, mas também quando ela pula e ativa essa habilidade, ela consegue quebrar locais sensíveis das ruinas ou derrubar coisas.

Durante sua caminhada pelo deserto, ela cai em um buraco e vai parar em um local preto onde existe uma espécie de chão espelhado que reflete a sombra dela em um mundo branco. Quando ela pula e ativa a habilidade de virar quadrado, saem sombras de pássaros da sua sombra e elas empurram Gris de volta. Ela passa algum tempo resolvendo pequenos puzzles em mecanismos monumentais, que apesar de serem essas grandes estruturas, são equilibradas e trabalham com elegância.

Passando dos mecanismos do deserto, ela encontra novamente a estátua em ruínas, dessa vez ambas as mãos e como anteriormente, respingos de tinta aquarelada saem dela, dessa vez em verde. Agora com o surgimento de uma grande arvore dentro do palácio, Gris pode alcançar uma nova área. Por um breve momento os pássaros das sombras aparecem, mas logo se vão. E ela se vê dentro de uma floresta cheia de pequenas criaturas, até que ela encontra uma criaturinha que inicialmente se esconde e foge igual as outras, mas após a gris alimentar ela com uma espécie de frutinha, a criaturinha passa a segui-la e ajudá-la com pequenos puzzles. Graças a essa amizade, ela consegue entrar em áreas subterrâneas. Eventualmente a dupla se separa e Gris segue explorando o seu mundo, mas em determinado momento, eles se reencontram, e agora a criaturinha está entre seus semelhantes aparentando estar muito mais feliz do que antes.

Depois de coletar mais algumas estrelas, Gris desenvolve a habilidade de pular mais alto, planar e, com ajuda de uma espécie de borboletas vermelhas, voar. Por causa dessa nova habilidade, ela vai até um palácio no céu que fica acima do palácio principal. Lá, no topo desse novo palácio ela reencontra os passarinhos das sombras, e dessa vez eles viram um único grande pássaro que percebe ela. Finalmente depois de muita perseguição, ela encontra um sino enorme e o som feito por esse sino assusta o pássaro, que se desfaz e some.

Voltando para terra firme, ela acha mais uma vez a estátua em ruinas, dessa vez com parte do rosto refeito. E como das outras duas vezes, ela parece confrontar algum sentimento trazido por essa estatua e surge de dentro dela pingos de cor azul que se espalham pelo mundo. Com o surgimento do azul, também surge uma suave chuva, e com isso, arvores “invisíveis” ficam molhadas e agora podem ser vistas. Também por causa da chuva, parte do palácio foi imundado, e após Gris mergulhar e conseguir a habilidade de nadar em águas mais profundas, ela encontra uma “construção” parada no meio do nada. Ela passa algum tempo coletando estrelas e resolvendo novos puzzles, até que volta para a “construção” e descobre que ela é uma linda tartaruga gigante cor de vermelha e brilhante. Com essa nova amiga, ela vai até águas mais profundas, explora algumas construções em ruinas e ao voltar para a superfície, encontra a estátua em ruinas, agora praticamente completa.

Diferente dos outros encontros com a estátua, esse não faz com que a Gris transborde cores, mas sim luz. E essa linda explosão de luzes faz com que partes faltantes dos cenários em ruinas sejam completadas por partes luminosas, algo que parece magico. Gris tenta cantar mais uma vez, mas antes que consiga entoar alguma nota, o pássaro surge e volta a persegui-la. Ela foge, e em uma tentativa de despistar a sombra, entra na água. Porém a sombra se adapta e vira uma enguia, depois duas, depois centenas de pequenas enguias, e quando parece que está tudo perdido e ela irá ser engolida por esse monstro, a tartaruga surge e com a sua luz intensa afugenta a sombra.

Indo para a nova área de luz, ela resolve alguns enigmas e finalmente consegue voltar a cantar. E cantando ela cria vida, flores desabrocham, seres de pedra criam vida e tudo isso auxilia ela a completar essa jornada. Quando finalmente tudo parece certo e ela conseguiu todas as estrelas que precisava para formar o caminho no céu, a sombra reaparece e dessa vez, assumindo a aparência da Gris, ela absorve todo o mundo. Gris reaparece em um mar preto, nadando entre as ruinas da estátua e quando volta a superfície, está tudo vazio e pedaços da estátua flutuam no céu. Gris vai até as ruínas da mão da estátua e começa a cantar, com isso a estátua começa se reconstruir e quando está quase finalizada, o mar preto formado pela sombra começa a envolver a Gris e a sufocá-la enquanto ela canta. Surpreendentemente, a estátua canta de volta para ela e a sombra se desfaz, parece que dessa vez, para sempre. As duas entoam uma canção junto, e a estátua leva a Gris até o caminho de constelações. Finalmente ela pode seguir o seu caminho e desaparece dentro do céu.